納骨棺には、水は入ってこないのですか？

納骨室のお骨に水が入ることはあります。

雨水ではなく、外気との温度差によって湿気が壷の中に溜まるようです。
古いお墓は「地下カロート」といって地面より下に納骨室があるため湿気も強く溜まりやすいですが、最近のお墓は「丘カロート」という地面より上に納骨室を作るのが主流ですので溜まりにくいです。
もし雨水等でカロート内に水が溜まっても、水抜き用の穴が施工されてますのでご安心下さい。